По возвращении он приступил к сбору доказательств изменяемости видов. Он знал, что его религиозные друзья-натуралисты считают подобные взгляды ересью, подрывающей чудесные объяснения социального порядка и знал, что столь революционные идеи будут встречены особенно негостеприимно в то время, когда позиции Англиканской церкви оказались под огнём радикальных диссентеров и атеистов. Втайне развивая свою теорию естественного отбора, Дарвин даже писал о религии как о племенной стратегии выживания, однако всё ещё верил в Бога как в верховное существо, определяющее законы этого мира. Его вера постепенно ослабевала со временем и, со смертью его дочери Энни в 1851 г., Дарвин, наконец, потерял всякую веру в христианского бога.

Смерть дочери Дарвина, Энни, в 1851 г. стала последней каплей, которая отвратила уже сомневающегося Дарвина от идеи всеблагого Бога.
Он продолжал оказывать поддержку местной церкви и помогал прихожанам в общих делах, однако по воскресеньям, когда вся семья направлялась в церковь, уходил на прогулку. Позже, когда его спрашивали о религиозных взглядах, Дарвин писал, что никогда не был атеистом, в том смысле, что не отрицал сущестование Бога и, что, в целом, «было бы более правильно описать состояние моего ума как агностическое».
В написанной им биографии деда Эразма Дарвина, Чарлз упоминал о ложных слухах, согласно которым Эразм взывал к господу на смертном одре. Чарлз заключал свой рассказ словами: «Таковы были христианские чувствования в этой стране в 1802 г. Мы можем, по крайней мере, надеяться на то, что ничто подобное не существует ныне». Несмотря на эти благие пожелания, весьма сходные истории сопровождали кончину самого Чарлза. Наибольшую известность из них приобрела так называемая «история леди Хоуп», английской проповедницы, опубликованная в 1915 г., в которой утверждалось, что Дарвин претерпел религиозное обращение во время болезни незадолго до смерти. Подобные истории активно распространялись разного рода религиозными группами и, в конце концов, приобрели статус городских легенд, однако они были опровергнуты детьми Дарвина и отброшены историками как ложные.
http://scepsis.ru/library/id_755.html